Az AmigaDOS nyújtja az OS azon részét, amely a fájlrendszerek, fájlok, jegyzékek, csővezetékek, ClI és még sok más hasonló funkció kezeléséért felelős. Az AmigaOS 1.x verzióiban az AmigaDos a TRIPOS-ra épült, amely BCPL-ben íródott. A port nem volt hatékony, mivel más nyelvi interfészek létrehozása nehézkes és hibára hajlamos volt. A 2.x verzióktól az AmigaDOS egy C-ben és Assemblerben újraírt változata használatos, amely teljes mértékben kompatibilis a korábbi verziókkal és az AmigaDOS Resource Project részeit használta fel, mely már rendelkezett sok, a korábbi rendszert helyettesítő eszközzel és interfésszel. A 4.0-ás verziótól a DOS teljesen megszabadult a BCPL hagyatékától és 4.1-től újraírták teljes 64bit-es támogatás érdekében. A fájlkiterjesztések gyakran használatosak az OS-en, de nem kötelezőek és nem kezeli őket különleges figyelemmel a DOS, tehát gyakorlatilag csak a fájlnevek részét képezi, a fájlok típusának megállapítása nem ezek segítségével történik.
A 3.0-ás verzióig az OS csak a natív Amiga grafikus chipsetet támogatta, a graphics.library-n keresztül. Ez ahhoz vezetett, hogy a fejlesztők az OS funkcionalitását megkerülve közvetlenül a hardvert használták. Más videókártyák használata csak nem hivatalos módokon voltak támogatva. Csak a 3.5-ös verziótól támogatott hivatalosan bármilyen grafikus megjelenítőt. Ezt a rendszert RTG-nek(retargetable graphics) nevezték el. Ettől fogva az OS-sel együtt járt az RTG is, melynek segítségével már lehetett használni az Amiga chipseteken kívül más, elterjedt videókártyákat is, mint a CyberGraphX, Picasso96, vagy az EGS. Mivel az Amiga megjelenésének idején nem volt elterjedt a 3d-s grafika, ezért az OS nem támogatta azt, valamint a grafikus interfészben sem jelent meg. A fejlesztők és a gyártók (pl: MiniGl, Warp3D, StormMesa, CyberGL) saját sztenderdeket vezettek be és library-kat hoztak létre. A támogatás hiányának ellenére a hardver képességeinek köszönhetően az Amiga az egyik legelső elterjedt 3D fejlesztői platformmá vált. 4.1-től, a modern trendeknek megfelelően, hardveres 3D gyorsítást használ a grafikus interfész.
3.1-ig az OS csak az Amiga chipsetet támogatta. Az AHI(retargetable audio system) létrehozásáig a hangkártyák támogatása a platformon gyártófüggő volt. Ugyancsak a 3.1-es verzióval megjelent a MIDI támogatás is. Az eredeti Amiga beszédszintetizáló programmal (Softvoice, Inc.) is rendelkezett, amely képes volt angolnyelvű szövegek felolvasására, ezért szívesen használták fel szövegszerkesztő és oktatóprogramokban. Később, egy Francesco Devitt által írt library segítségével a program képes volt egy nyelv szabályainak megfelelően bármilyen fonémát megszólaltatni, így gyakorlatilag multilinguálissá vált. A 2.0-ás verzió volt a legutolsó, amely még támogatta. A 2.1-es verziótól felhagytak a fejlesztésével.